DNA Marker : RFLP

DNA Marker : RFLP

Restriction Fragment Length Polymorphisme

Selain RAPD, terdapat metode DNA Marker lain seperti RFLP. Berbeda dengan RAPD yang telah menggunakan teknologi PCR dalam prosesnya, RFLP  hanya menggunakan enzim restriksi. Metode RFLP digunakan oleh peneliti biologi molekuler untuk

Pada awalnya, RFLP banyak digunakan untuk pemetaan genetik, melihat kekerabatan antara anak dengan ayah biologisnya atau pada kasus kriminal untuk menentukan korban dan pelaku kejahatan dilihat dari sampel DNA yang tertinggal di darah atau di rambut. RFLP juga banyak digunakan untuk menentukkan status penyakit yang diidap seseorang (mengidap atau carier penyakit).

RFLP marker itu sendiri merupakan suatu sekuens DNA yang memiliki restriction site pada setiap ujungnya dan target sekuens yang berada diantara restiction site tersebut. Target sekuens adalah setiap sekuen DNA yang dapat mengikat DNA probe dengan cara membentuk pasangan basa komplementer. DNA probe ini berbentuk sekuens dari DNA untai tunggal yang telah ditandai senyawa radioaktif atau enzim sehingga lokasi sekuen target dapat diamati.

Alur pengerjaan RFLP 

Bagaimana metode RFLP dapat digunakan?

1.      Deteksi penyakit

 

 Pada dua sampel DNA berbeda, dimana satu sampel merupakan sampel dari seseorang yang mengidap penyakit dan sampel dari orang normal (tidak mengidap penyakit). Pada sampel DNA orang normal, diketahui bahwa enzim restriksi dapat memotong DNA pada tiga lokasi berbeda sedangkan pada DNA pengidap penyakit hanya terdapat dua lokasi pemotongan enzim restriksi. Hal ini diakibatkan oleh hilangnya satu lokasi pemotongan enzim akibat mutasi. Setelah sampel DNA dipotong menjadi bagian-bagian kecil oleh enzim restriksi, sampel DNA dirunning pada gel elektroforesis untuk dipisahkan sesuai panjang sekuens.

Dari hasil elektroforesis ini akan didapat berbagai fragmen DNA hasil pemotongan enzim restriksi namun fragmen-fragmen tersebut belum dapat digunakan sebagai data dari penanda RFLP. Maka, setelah elekroforesis dilanjutkan ke proses Southern Blotting yaitu pemindahan fragmen DNA ke membran nitroselolusa/nilon yang kemudian dihibridisasi dalam DNA probe sehingga hanya fragmen target yang dapat terdeteksi atau fragmen yang memiliki sekuen komplementer DNA probe (probed region). Dari hasil hibridisasi DNA probe ini dapat diketahui bahwa pada DNA sample pengidap penyakit hanya satu fragmen yang terdeteksi dengan ukuran lebih panjang dibanding fragmen dari sampel DNA orang normal yang lebih pendek namun terdiri dari dua fragmen.

2.      Kasus kriminal

Pada kasus kriminal, RFLP biasa digunakan untuk membandingkan sampel darah, sperma, ludah atau kulit yang didapat dari TKP (Tempat Kejadian Perkara) dan sampel DNA dari tersangka pelaku kejahatan. Saat terdapat beberapa tersangka pada suatu kasus kejahatan maka pelaku kriminal adalah tersangka yang  memiliki pola fragmen DNA sama dengan pola fragmen DNA dari sampel di TKP.

  

Dekripsi gambar : Tersangka B dapat disebut sebagai pelaku kejahatan

Meskipun dari Human Genome Project telah diketahui bahwa sekuens DNA manusia memiliki kesamaan hingga 99,9% namun setiap orang memiliki Junk DNA atau DNA yang tidak diketahui fungsinya pada lokus tertentu berupa repetitif atau sekuens berulang seperti VNTRs (Variable Number Tandem Repeats) dan STR (Short Tandem Repeats). Hal ini yang menyebabkan kita dapat mengetahui kepemilikan DNA dari orang yang berbeda dan pada umumnya sekuens berulang ini yang dideteksi oleh DNA probe.